Sekcja została powołana przez Zarząd Główny Towarzystwa Chirurgów Polskich w dniu 12-tego grudnia 1988 r., a w następnym roku w dniu 10-tym marca odbył się pierwszy zjazd założeniowy sekcji. Inicjatorem powstania sekcji, organizatorem Pierwszego Walnego Zgromadzenia, a następnie pierwszym Przewodniczącym Zarządu Sekcji był prof. dr hab. med. Tadeusz Popiela.

Dzięki Jego aktywnej działalności chirurgia endoskopowa na stałe weszła do dziedzin chirurgii klinicznej. Początkowo organizowano oddzielne konferencje naukowe Sekcji, a od czasu zjazdu TChP w Bydgoszczy organizowane są sesje chirurgii endoskopowej podczas organizowanych co 2 lata Zjazdów TChP.

Aktywna działalność Zarządu Sekcji, pod przewodnictwem prof. dr hab. med. Tadeusza Popieli, zaowocowała także uznaniem polskiej chirurgii endoskopowej na arenie międzynarodowej. Polscy chirurdzy są autorami wielu prac prezentowanych na międzynarodowych zjazdach oraz publikowanych w renomowanych czasopismach. Polscy chirurdzy są także członkami Europejskiego Towarzystwa Chirurgii Endoskopowej (EAES). Profesor Tadeusz Popiela był Przewodniczącym Zarządu Sekcji do roku 2005. Wyrazem Jego niewątpliwych zasług w dziedzinie chirurgii endoskopowej jest wybór na Honorowego Przewodniczącego Sekcji.

We wrześniu 2023 r. we Wrocławiu podczas 71 Zjazdu Towarzystwa Chirurgów Polskich odbyło się Walne Zebranie Sekcji Chirurgii Endoskopowej TChP. Na zebraniu wybrano nowe władze Sekcji Chirurgii Endoskopowej. Przewodniczącym Sekcji został dr hab. n. med. Michał Spychalski .